委托人需要在怀孕期间进行胎儿亲子鉴定的，必须通过专业产科医院体检后，由临床医生确认身体条件适合方可进行。理论上怀孕8周以后即可进行胎儿绒毛组织采集，然后将胎儿绒毛样本和孕妇样本、父亲(或怀疑对象)样本同时进行比对。
DNA亲子鉴定可以在胎儿诞生以前进行。在怀孕一段时间以后，受精卵就发育为具有DNA信息的胚胎组织。并且，胚胎组织会与浸泡其中的羊水进行一定的物质交换。所以，羊水中含有大量胚胎组织的脱落细胞，这些细胞中含有胎儿的DNA信息，因此，孕妇产前亲子鉴定可采用羊水穿刺的方法采集羊水提取胎儿DNA与待定父亲的DNA比对达到亲子鉴定的目的，而且这种鉴定方式的检测结果与胎儿出生后的鉴定结果完全一致。
根据怀孕的阶段，胎儿的DNA样本可以通过羊膜穿刺手术获得。但这种方式并不安全，具有感染和流产的风险，所以现在更多人会选择无创产前亲子鉴定，这个鉴定方式非常简单，只需要孕妇10ml的静脉血即可，不会伤害到孕妇和宝宝。
产前亲子鉴定可依照以下三个方式进行:
胎儿绒毛组织：怀孕11-16周，一般由产科医生在B超引导下采集胎儿绒毛组织。
胎儿羊水鉴定样本：怀孕16周以上，临床上多以穿刺手术采集5ml左右胎儿羊水样本。相比之下，怀孕16周后，胎儿发育渐入平稳期，提取少量羊水不会影响其正常生长发育，因此对胎儿及产妇影响较小，相对安全可靠。
血液鉴定样本：怀孕6周以上，且B超显示胚芽达到3mm以上，就可以通过采集母体外周静脉血10ml左右作为样本进行鉴定。这种鉴定方式无痛，无感染风险，相比较其他两种方式更加安全可靠。
