在对DNA比对时，可以用毛发的线粒体DNA，毛发的结构不是含有角蛋白，又不是细胞结构，怎么会有线粒体DNA？
毛发作为一种易发现、易取得、易储存并且易运输的常见检材，无论在司法鉴定或是刑侦体系中都常与它打交道。当面对毛发检材，如何从毛发中提取出足量的DNA是日常工作中普遍遇到的问题。更何况，现场取得的毛发检材，大多数来自自然脱落或断发。这类毛发检材相比于新鲜拔取的毛发，处理难度级别可以说高了不只一个数量级。要了解为什么毛发可以提取相关的线粒体DNA，首先需要了解毛发的结构。
一、毛发的结构：
毛发整体分为毛囊和毛干两部分，毛囊包括皮脂腺、毛球等；毛干则由毛小皮、毛皮质和毛髓质组成。脱发是由于毛囊处于休止期或坏死，因此，脱落的毛发上所带的毛囊组织很少。而如果是断发则仅有毛干组织。
对检材进行DNA提取时，首先考虑的是检材上是否有DNA或者哪个部分有DNA。
二、DNA所在的位置：
正常毛发（正常脱落毛发、无烫染）中的DNA主要存在于毛囊位置，由于毛囊部分具有丰富的腺体细胞及皮肤细胞，故具有毛囊的毛发DNA提取成功率较高。而毛干与此相反，毛干的毛小皮及毛皮质的主要组成分为角蛋白纤维，髓质层与皮质层中含有大量色素，因此具有携带核DNA的细胞少之又少。
同时，通过查询相关文献，毛干中可提取DNA的区域至今尚不明确。部分研究学者认为髓质中存在少量核DNA，也有国外研究学者认为毛干提出的核DNA主要存在于外部角质层。
从另一个角度，毛干中的线粒体DNA相对于核DNA来说，含量很高。线粒体DNA常被用于母系亲缘关系鉴定，在无毛囊或毛囊已败坏而毛发样本又很难得的情况下，这种鉴定也具有较高的价值。
